菏泽市牡丹人民医院（菏泽市新生儿救治中心）始建于1949年10月，是一所集医教研为一体的三级综合性医院。
目前，医院编制床位867张，开放床位1044张，有卫生专业技术人员1379人，其中高级技术人员107人，中级技术人员375人。设有50余个临床医技科室，具有心内、呼吸内、神经内、消化内、内分泌、血液、肾内、肿瘤、骨外、手足显微外、普外、胸外、神经外、泌尿外、小儿外、烧伤整形外等二级专业科室。配备世界尖端的美国GE原装进口宝石能谱CT—自由之心、德国西门子原装进口1.5T超导核磁共振、瑞典医科达原装进口直线加速器、日本岛津数字胃肠、DR摄影系统、美国GE心脏彩超、四维彩超等万元以上医疗设备近700台套。建有1100平方米的康复医学科，设有功能齐全的运动训练大厅，配有国内先进的康复设备。建有2400平方米、全市首家引进健康管理理念、环境优雅、设施完善、为客户量身定制个性化体检项目的健康管理部。整合中医系列科室组建国医堂，建立了700余平方米区域独立的中医药综合服务区。新建2500余平方米引入微创、放疗、介入、免疫等七大疗法的肿瘤综合治疗中心即将完工。全年服务门诊患者50万人次，住院患者5万人次。
医院以“群众满意”为目标，坚持“以病人为中心”，牢固树立“大安全、大质控、大后勤、大服务”意识，在不断完善医疗质量控制体系及医疗安全保障体系建设的同时，积极落实进一步改善医疗服务行动计划，不断加快推进医疗服务体系建设，把管理制度由“方便管理”向“方便患者”转变，把服务流程由“方便医院”向“方便患者”转化，尤其是把对患者与家属的非医疗服务提升到与医疗服务同等重要的位置，在建立全市首家一体化管理和一站式服务的“病员服务中心”的基础上，再次扩延非医疗服务内涵，将“住院处”改建为“住院服务部”，设置服务大厅，增加帮办服务职能，同时，为全院临床科室配备行政干事，专职从事医疗科室内的非医疗服务，协同落实“帮办陪送访”，做好住院病人全程服务，全力打造院内无缝隙服务。
医院先后荣获省级“文明单位”、省卫生系统“文明窗口”、省卫生系统“两好一满意”示范集体、省卫生系统“三好一满意”示范岗等荣誉称号。
成武县人民医院
成武县人民医院始建于1949年10月，院区占地53亩，建筑面积6.5万平方米，固定资产5.2亿元；现有职工1043人，其中高级专业技术人员89名，中级281名，市、县专业技术拔尖人才20名，编制病床800张，开放病床1000张。设有37个临床医技科室及
东明县人民医院
东明县人民医院始建于1949年，历经几代仁人志士的辛勤耕耘，共同努力，现已发展成为一所科室设施日臻完善、技术实力日渐增强、医疗设备日益先进、文化底蕴日趋浓厚，集医疗、教学、科研、康复保健、急诊急救于一体的综合性二
曹县人民医院
曹县人民医院始建于1949年，是一所集医疗、教学、科研、急救、康复于一体的三级乙等综合医院，山东省千佛山医院、山东省医学影像研究所、山东省肿瘤医院、解放军总医院第三医学中心、火箭军总医院、首都医科大学宣武医院
菏泽医学专科学校附属医院
菏泽医专附属医院是经山东省卫健委批准成立的一所公办非营利性三级综合医院，是菏泽市职工和城乡居民医保定点医院。集医疗、养老、康复、教学、科研和培训为一体的社会公益性的综合性医疗机构，坐落于菏泽市广州路与珠江
郓城县人民医院
郓城县人民医院是一所集医疗、教学、科研为一体的现代化综合性医院。于1994年、1995年先后被省卫生厅评审为二级甲等医院和爱婴医院。
菏泽市立医院（总院）
菏泽市立医院（山东省立医院集团菏泽医院）始建于1946年，是一个有着光荣革命传统的医院。历经75年的发展，市立医院已成为我市集医疗、教学、科研、急救、预防、保健和技术指导于一体的综合性三级甲等医院，担负着我市七县二区
巨野县人民医院
巨野县人民医院始建于1949年，经过一代又一代人的艰苦努力和顽强拼搏，现已发展成为融医疗、教学、科研、康复、保健、急诊急救服务为一体的综合性三级乙等医院和爱婴医院。医院现有职工1404，卫生技术人员1163人，其中高级专
菏泽市第二人民医院
菏泽市第二人民医院（菏泽市创伤医院）是一所大型综合性医院，是经政府批准的全市唯一警医共建的市创伤医院，同时还是菏泽医专教学医院、菏泽市城镇职工基本医疗保险定点医院、菏泽市工伤保险协议单位,是经省政府批准的菏泽
单县中心医院
单县中心医院地处鲁、苏、豫、皖四省八县结合部，是一所三级甲等综合性公立医院。该院创建于1944年，始称“冀鲁豫第十一专署医院”，1946年称“冀鲁豫边区第三政民医院”，后改称“平原省湖西专署人民医院”、“山东省菏泽专
菏泽市中医医院
菏泽市中医医院始建于1975年，是一所集医疗、教学、科研、预防、康复、急救于一体的全民所有制三级甲等综合性中医医院；是山东中医药大学、菏泽医专、曲阜中医药学校、莱阳中医药学校、菏泽卫校的教学医院。现有职工400
